1、德占时期(1898-1914年)
1897年11月，德国远东舰队侵占胶澳（胶州湾）。为巩固殖民统治，德国占领者决定建造医院。1898年10月至1899年10月，医院完成第一期建筑工程，年底交付使用。新建医院命名为“大德胶澳督署医院”，俗称“总督府医院”，负责人为德国医学博士马尔梯姆（Martim）教授。1904年又在郊区建立李村医院，是最早的分院。德国占领者从1898年到1906年用九年时间，共花费198万马克，将医院全部建成。
2、第一次日占、北洋政府和南京政府统治时期（1915-1937年6月）
1914年11月11日，日本借第一次世界大战之机取代德国，侵占了胶澳，医院被日本侵略军占用，改称陆军病院，由陆军三等军医正我妻孝助之任院长。尔后，又开设了济南、坊子两分院。1915年，日本占领当局在院外路东的现江苏路19号处开设青岛疗病院。1916年，青岛疗病院改名青岛病院并迁入陆军病院内。1922年12月，日本被迫向中国北洋政府交还青岛主权，但在青岛仍然保留了大量特权和利益。日方以投资巨大为借口仗势继续经营青岛病院。1929年，国民政府接管胶澳，改称青岛。但由于国民党推行“攘外必先安内”的政策，不向日方交涉收回医院，医院仍隶属日本同仁会。
3、第二次日占时期（1937年7月-1945年8月）
1938年1月10日，日本侵略军第二次侵占青岛，医院被日本陆军占用，成为陆军医院。同仁会青岛医院被编为战时医疗组织，改称同仁会青岛医院诊疗班，只在现江苏路19号处开设门诊。尔后，在院外现江苏路43号处设40张床位的临时病房，在台东、台西镇增设两个诊疗所。1940年6月，栗本定治郎将台西镇诊疗所移交青岛市卫生局，撤销了台东镇诊疗所。10月，陆军医院迁出，医院逐步恢复并扩大业务。1941年11月，改称同仁会青岛诊疗班。
4、南京国民政府统治时期（1945年9月-1949年5月）
1945年8月15日，日本战败无条件投降。11月6日，青岛市政府派教育局长孟云桥、博济医院院长陈志藻等一行接收同仁会青岛诊疗班，指定王斐先为负责人，日籍医护人员纷纷回国，留下田中朝三等9人继续任职。1946年1月，南京国民政府教育部和社会部卫生署商定，将接收的诊疗班移交山东大学。3月1日，命名为“国立山东大学附属医院”。
5、建国以后（1949年6月-1998年6月）
1949年6月2日青岛解放，医院从此获得新生。翌日，中国人民解放军青岛市军事管制委员会派出王滋才、王乐三为军代表接管医院，医院改称山东大学医学院附设医院。王滋才为首席军代表，潘作新任院长，医院隶属华东军政（行政）委员会卫生部和山东大学。在中国共产党和人民政府的正确领导下，医院呈现出一派新的气象。1956年3月，中华人民共和国高等教育部批准山东大学医学院在青岛独立建院，定名为青岛医学院。9月，医院改称为青岛医学院附属医院，隶属省卫生厅和青岛医学院。1993年，青岛医学院并入青岛大学，改称青岛大学医学院。医院改称为青岛大学医学院附属医院。